Sve veća proizvodnja šampinjona donosi i probleme kao što su pojava bolesti i štetočina, kao i pitanje njihovog suzbijanja. Tako da su predrasude da kod proizvodnje šaminjona nema henisjkih tretmana. Ima ih svakako.
Uslovi u kojima se šampinjoni gaje (povećana relativna vlažnost, umerena osvetljenost i temperatura) dovode do razvoja fitopatogenih gljiva, bakterija i virusa koji u pojedinim slučajevima ugrožavaju celu proizvodnju. Pravilno odnegovan kompost, tj. kvalitetna pasterizacija i pakovanje, predstavljaju prvi korak u gajenju šampinjona. S obzirom na to da se proizvodnja šampinjona odvija na istom mestu od berbe do berbe (ne postoji mogućnost plodoreda) svaka infekcija koja se javi u gajilištu uvećava mogućnost infekcije i propadanja proizvodnje.
Zaštita je veoma teška jer postoji velika mogućnost da u plodištima pečurke zaostanu ostaci sredstva za zaštitu bilja. Uspešna zaštita od bolesti i štetočina veoma se teško postiže zbog malog broja preparata koji se za to koriste, a veliki broj proizvođača u našoj zemlji primenjuje preparate koji se ne nalaze na listi dozvoljenih za šampinjone.
Vlažna trulež je najčešća i vrlo raširena bolest šampinjona. Patogen inficira mlade gljive koje se deformišu. Odrasle pečurke poprimaju nepravilan loptast oblik veličine oko 10 cm. Boja im se menja u crvenomrku sa pojavom eksudata neprijatnog mirisa koji dodatno privlači mušice. Izvori zaraze mogu biti u neadekvatno pripremljenom kompostu, prostorijama i alatima koji se koriste, ostacima od prethodnog branja i insektima koji su često prenosioci. Mere zaštite su: dezinfekcija prostorija, dezinfekcija alata, i to najbolje vrelom parom, i odstranjivanje zaraženih šampinjona.
Suva trulež je Jednako opasno oboljenje kao i vlažna trulež. Ispoljavanje simptoma pre svega zavisi od razvojne faze u kojoj se gljiva nalazi. Plodišta se raspucaju i suše. Mere zaštite su iste kao i kod prethodnog patogena. U uzgojnim prostorijama treba sprečiti kapanje vode regulisati i izbegavati promaju.
Paučinasta plesan se brzo širi u vlažnim i toplim uslovima sredine u kojima se uzgajaju šampinjoni. Najčešći izvori inokuluma su ostaci prethodno obranih pečuraka i neadekvatna dezinfekcija prostora i alata.
Mere zaštite održavanje higijene uzgajališta, a interventna mera je pokrivanje zaraženog mesta papirom natopljenim etanolom i potom posipanje solju. Mesto zaraze može se tretirati i krečom u prahu.
Sprečavanje pojave ovih bolesti najuspešnije se može obaviti ukoliko se sprovode preventivne mere zaštite. To podrazumeva da je prva i najvažnija mera dezinfekcija prostorije gde se unose džakovi sa micelijama. Dezinfekciju obavezno obaviti vrelom vodenom parom koja daje odlične rezultate i to je gotovo obavezna mera koju valja uvek sprovoditi. Samo ukoliko uspete da proiuzvdete zdrvstevno ispravne i kavlitetne plodove, imaćete i prolaznost na tržištu i vaša ulaganja neće biti uzaludna. Sve ostalo može da bude samo gubljenje vremena i nepotrebno povećanje troškova.
